1. Shintaro
Wojownicy ninja wybierają się do odległego królestwa Shintaro na urodzinowe przyjęcie księżniczki Vani. Zabierają ze sobą Mistrza Wu.
Ninja otrzymują tajemnicze zaproszenie do Shintaro, górskiego królestwa, które na pierwszy rzut oka wydaje się spokojne i pełne przepychu. Wkrótce jednak okazuje się, że pod powierzchnią miasta kryją się mroczne sekrety.
Wojownicy ninja wybierają się do odległego królestwa Shintaro na urodzinowe przyjęcie księżniczki Vani. Zabierają ze sobą Mistrza Wu.
Ninja przybywają do Shintaro, gdzie Cole i księżniczka Vania badają sprawę tajemniczego gościa i wchodzą do sekretnej kopalni.
Ninja próbują uratować Cole’a, ale sprzeczki jego współwięźniów alarmują Czaszkoksiężnika i wojownicy też trafiają do niewoli.
Aby uciec Czaszkoksiężnikowi, ninja muszą przekonać Gadziki i Matoły do zapomnienia o dawnych sporach i połączenia sił.
Oddzieleni od innych Nya, Jay i Lloyd idą śladem Matoła o imieniu Murt daleko w góry. Tam spotykają królową Matołów.
Kai i Zane wpadają na grupę Gadzików, którzy podejrzewają ich o współpracę z Czaszkoksiężnikiem i zabierają do swojego przywódcy, kanclerza Gulgota.
Cole musi zaufać instynktowi i dokonać właściwych wyborów, aby znaleźć drogę na powierzchnię i ostrzec króla Vangelisa przed niebezpiecznym Czaszkoksiężnikiem.
Księżniczka Vania próbuje złapać spadających mistrza Wu i Cole’a. Nie jest jednak w stanie ich udźwignąć i cała trójka wpada do środka góry.
Cole, Wu i księżniczka Vania, którzy spadli do wnętrza góry, łączą siły z grupą innych ocalałych nazywanych Uniżonymi.
Cole bezskutecznie próbuje wyprowadzić Uniżonych, księżniczkę Vanię i mistrza Wu z dna góry.
Nya i Kai próbują zjednoczyć Matoły i Gadziki, aby pokonać ich wspólnego wroga — Czaszkoksiężnika.
Ścigani przez magmowego potwora Cole, księżniczka Vania, Wu i Uniżeni docierają do tajemniczej świątyni w głębi góry Shintaro.
Przybywa Gładziciel! To oznacza, że ninja, Matoły i Gadziki muszą uciekać. Wszyscy ukrywają się w jaskini Gadzików.
Cole, Uniżeni, księżniczka Vania i Wu odkrywają, że mech jest napędzany przez energię żywiołów, i wykorzystują go, aby wydostać się z góry.
Cole i Wyniesieni przybywają do twierdzy Czaszkoksiężnika, gdzie znajdują zamkniętych w klatkach wojowników ninja oraz zakute w łańcuchy Gadziki i Matoły.
Cole walczy z Czaszkoksiężnikiem. Gadziki i Matoły szturmują twierdzę. Plundar uwalnia wojowników ninja z klatek, aby mogli wziąć udział w bitwie.