1. Pożegnanie z morzem
Grupa nazywająca się „New Ninja” próbuje powstrzymać przemyt kamieni zemsty, podczas gdy ninja próbują uporać się z zaginięciem Nyi.
W nowej rzeczywistości ninja muszą odnaleźć się na nowo i stawić czoła zupełnie nowym zagrożeniom. Głównymi bohaterami są Lloyd Garmadon, wciąż wierny duchowi Spinjitzu, oraz dwoje nowych wojowników – Arin i Sora – którzy dopiero uczą się drogi ninja. Wspólnie próbują chronić tajemnicze smoki energii, potężne istoty, których moc może utrzymać równowagę w świecie lub doprowadzić go do zagłady.
Grupa nazywająca się „New Ninja” próbuje powstrzymać przemyt kamieni zemsty, podczas gdy ninja próbują uporać się z zaginięciem Nyi.
Na statku na pełnym morzu, podczas niebezpiecznej burzy, marynarz wpada do wody. Ku zaskoczeniu załogi, szybko zostaje on ponownie umieszczony na pokładzie.
Śledztwo ninja w sprawie przemytu kamieni zemsty prowadzi ich do opuszczonej linii metra, gdzie natrafiają na Nowego Ninja.
Ninja odwiedzają burmistrza z niezwykłą prośbą: chcą, aby zwolniono jednego z ich największych wrogów z więzienia Kryptarium!
W dziwnym zrządzeniu losu ninja udaje się uwolnić Aspheerę z więzienia. Jednak aby uratować Nyę, muszą również odzyskać laskę Aspheery.
Czekając w klasztorze na powrót ninja, Aspheera i Mistrz Wu rywalizują w serii prób siły i sprytu.
Po uwolnieniu Aspheery, aby uratować Nyę, ninja trafiają do więzienia Kryptarium, gdzie otaczają ich dawni wrogowie.
Kryształowe pająki nadal rekrutują złoczyńców do rady tajemniczego Kryształowego Króla. Nya przypomina sobie swoje dni jako Samurai X.
Podczas gdy ninja wykonują prace więzienne na pustyni, Nya i Dareth przechwytują autobus i pomagają im uciec.
Po rozstaniu z pozostałymi, Zane, Kai i Dareth przemierzają pustynię i łapią podwózkę od dziewczyny, która uciekła z domu.
Ninja spotykają się ponownie w Twitchy's i próbują ustalić, którzy złoczyńcy dołączyli już do rady Kryształowego Króla — i kto będzie następny.
Ninja próbują namierzyć Lloyda, który działa pod przykrywką, podczas gdy kryształowy pająk prowadzi go pod miasto Ninjago — prosto do rady Kryształowego Króla.
Harumi opowiada historię o tym, jak z księżniczki Ninjago stała się przywódczynią rady złoczyńców.
Federalny szeryf Hounddog McBrag puka do drzwi mistrza Wu. Pod miastem Ninjago ninja szukają Lloyda, który próbuje przekonać swojego porywacza do zmiany zdania.
Ninja są uwięzieni w starym wagonie metra w zawalonym podziemnym tunelu. Mistrz Wu i jego ekipa bronią broni Spinjitzu.
Kiedy Lloyd budzi się i dowiaduje się o strasznej wiadomości od Harumi, ninja czekają pod ziemią na Nyę i resztę ekipy, żeby ich uratowali. Ale czy pomoc przybędzie na czas?
Rada złoczyńców wskrzesza potężnego starego wroga. Lloyd obserwuje to z przerażeniem, a później podejmuje brawurową próbę ucieczki.
Mistrz Wu i ninja planują napad na policyjny parking, aby odzyskać Bounty. Lloyd i Harumi przemierzają dżunglę.
Władca zdaje sobie sprawę, że próba zniszczenia ninja może wyzwolić ich moce i opracowuje nowy plan. Lloyd i Mistrz Wu podążają za tropem.
W domu Vinny'ego z NGTV News Lloyd i Mistrz Wu odkrywają najbardziej nieoczekiwanego gościa i wysłuchują jego niezwykłej opowieści.
Podczas gdy ninja walczą z pozornie niepokonaną armią wroga, mistrz Wu i Lloyd opracowują plan, który może doprowadzić ich do zwycięstwa.
Pixal wprowadza pewne modyfikacje do pojazdów ninja, a oni wyruszają do walki. Jednak Overlord wstrzymuje się z działaniem.
W trakcie zaciętej walki z Kryształowym Królem Nya zostaje uwięziona pod gruzami. Paperkids wkraczają do akcji, aby bronić miasta Ninjago.
Lloyd ratuje Hounddoga McBragga, Mistrz Wu dowiaduje się o starożytnej przepowiedni, a Pixal i ranny Zane natrafiają na skazańców, którzy uciekli z więzienia Kryptarium.
Skylor pomaga Cole'owi i Kaiowi wyjść z trudnej sytuacji. Po spotkaniu z Jake'iem w salonie gier wszyscy podążają za wskazówkami mistrza Wu do kryjówki Paperkids.
Kai próbuje zdefiniować swoją relację ze Skylorem... ale może nie jest to najlepszy moment. Dr Borg informuje Pixala, że Zane jest w śpiączce.
Ninja rozdzielają się, aby wysłać sygnały alarmowe do swoich sojuszników. Lloyd zastanawia się, czy Garmadon jest jednak zdolny do „współczucia”.
Mistrz Wu wyjaśnia formę Smoka — ale ninja nie mają zbyt wiele czasu, aby ją opanować, ponieważ Overlord dowiaduje się o ich miejscu pobytu.
Lloyd i Garmadon spotykają się z Overlordem w epickiej rozgrywce. Ninja otrzymują pomoc od swoich sojuszników, aby pokonać armię wrogów, ale może być już za późno.
Dzięki poświęceniu swoich bliskich i innych ninja Lloyd czerpie z głębokiej, pradawnej mocy, aby pokonać Overlorda.