1. Atak ciemności
Rozpoczyna się odbudowa Ninjago. Czterej ninja orientują się, że Lord Garmadon przekuł ich zaginioną Złotą Broń w megaoręże.
Po pokonaniu Pożeracza Światów Ninjago nareszcie mogą nacieszyć się pokojem. Jednak armia Wężonów nadal jest na wolności.
Rozpoczyna się odbudowa Ninjago. Czterej ninja orientują się, że Lord Garmadon przekuł ich zaginioną Złotą Broń w megaoręże.
Gdy Garmadon przypadkowo ożywia bezwzględnego Kapitana Soto i jego piratów, ninja muszą powstrzymać ich przed splądrowaniem Ninjago City.
Kiedy nasi bohaterowie dostają zaproszenie do Mrocznej Uczelni, odkrywają, że to pułapka zastawiona przez Lorda Garmadona i jego fałszywych ninja.
Kiedy ninja dowiadują się, że dojo Darretha ma zostać zlikwidowane, biorą udział w dorocznym Wyścigu Wojowników, aby zdobyć pieniądze na jego uratowanie.
Kiedy ninja uniemożliwiają Garmadonowi ożywienie szkieletu dinozaura za pomocą jego megaoręża, zostają zamienieni w dzieci, przez co potrzebują pomocy Lloyda.
Garmadon cofa się w czasie, aby zmienić przeszłość i zlikwidować przyszłość ninja, którzy podążają za nim i próbują powstrzymać go przed użyciem Złotej Broni.
Ninja muszą zmierzyć się ze starożytnym Samurajem z Kamienia, którego ożywił toksyczny jad Pożeracza Światów.
Ninja próbują uciec przez Armią z Kamienia, którą do życia przywrócił toksyczny jad Pożeracza Światów. Garmadon chce przejąć kontrolę nad armią.
Ninja, Lloyd, sensei Wu i Misako udają się na Mroczną Wyspę, aby odnaleźć Świątynię Światła, gdzie będą mogli odzyskać moce żywiołów ninja.
Pokonawszy Armię z Kamienia, ninja przybywają do Świątyni Światła i zyskują moce żywiołów, skupiając je na Lloydzie.
Ninja próbują umieścić Hełm Ciemności na właściwym miejscu w Niebiańskim Zegarze, aby zapobiec ostatecznej rozgrywce między Lloydem a jego ojcem.
Korzystając ze swojej nowej superbroni, Garmadon sieje zło w wiosce Jamanakai, burzy równowagę i pozwala duszy Mrocznego Władcy zawładnąć swoim ciałem.
Ciemność spowija całe Ninjago, którego mieszkańców Garmadon zmienił w złych za pomocą swojej superbroni, ale ninja odkrywają, że światło jest potężniejsze od ciemności.